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如何讓您的基因組學研究更具可重復性

文章來源:發布時間:2018-01-15 15:15:49瀏覽數量:

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可重復性已經成為生物醫學研究的重大問題,而實現可重復性研究結果的能力則與液體處理的性能劃等號。自動化已成為推動獲得可重復性數據的必要步驟,而我們的基因組學等應用的液體處理自動化水平又如何呢?

 

 
通過自動化液體處理控制數據誤差

 

檢測和方法的性能測定,需要研究一系列特性,如分析靈敏度、特異性、精確度、可重復性、線性、檢測限和可報告范圍。在二代測序等高度復雜的方法中,性能測定存在很大難度,但維系任何方法可重復性的主要工作都包括精準控制液體處理。

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您的基因組學研究的可重復性如何?

 

為了證明液體處理自動化的特點,我們以一個相對簡單但卻十分關鍵的基因組學工作流程步驟為例:定量雙聯DNA(dsDNA)。在本例中,我們采用熒光試劑盒,對96孔板上的樣本進行dsDNA測定。為此,我們采用八通道空氣置換移液臂、一次性過濾加樣針以及多功能酶標儀,在微孔板上進行自動化液體處理。將同一份樣本等分成8份進行5次反應,5次運行內及總的運行獲得的數據可重復性均達到5.8% CV以上。盡管通過手動加樣也可實現這種精確度水平,但自動化技術可7/24小時維持該性能,不僅消除了人為誤差風險、提高了通量,也讓實驗室人力資源從這類繁瑣、耗時的任務中解放出來。

 

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1:標準曲線制備的一致性:同一樣本等分成8份,根據5次運行結果獲取數據。

 

 
交叉污染比對核查

 

采用單一樣本測試液體處理性能可以提供寶貴的性能數據,但真實應用涉及多種樣本,而且這些樣本的濃度范圍差異往往很大。因此,評估孔間(例如,高/低濃度樣本間)的污染風險至關重要。另一項重要的測試方法是比對核查,即將高/低濃度的樣本置于鄰近的孔中。本例中,按照比對模式分別加樣48高濃度以及48低濃度樣本,定量結果也符合要求。樣本在整個板上表現出了一致的數值,證明不存在交叉污染問題。

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1. 采用自動化方法進行的交叉污染評估定量結果。濃陰影區域平均濃度84.7 ng/μL;淡陰影區域平均濃度34.1 ng/μL

 

 
自動標準化簡化工作流程,最大限度消除誤差

 

dsDNA定量的第一步是將樣本稀釋到同一濃度,以便簡化下游處理。這一步驟固然可手動進行,但自動化處理可節省手動操作時間,最大限度消除人為誤差。然后采用定量步驟保存的數據自動生成腳本,以便在原位或單獨的孔板上實現每種樣本所需的濃度和體積。在本例中,標準化樣本的平均濃度為25.9 ng/μLCV值僅5.5%,無疑為獲得可重復數據打下了良好的基礎。

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2. 標準化樣本為下一工作流程步驟提供了良好的起點。

 

 
嚴格控制確保符合SOP要求

 

樣本處理性能是實現可重復性研究的良好基礎。此外,采用自動化液體處理、定量和標準化的樣本進行下游步驟,還可保證嚴格遵守標準操作流程。即,您可始終得到相同的結果。

 

 
靈活是研究環境的關鍵要求

 

目前的自動化技術使您完全不必擔心特定的模式或實驗方案束縛您的實驗室工作。所謂靈活,不單單指可以隨意選擇96384孔板,更包括結合了易用性和足夠靈活的用戶界面,可適應不同的應用和工作流程,如純化后的QCNGS文庫制備樣本處理。

無論您進行哪種應用,液體處理自動化都可為獲得可重復性研究結果打下穩定、可靠的基礎,同時幫助您加快工作流程。

 

參考文獻

  1. Application Note: Automation of the Quant-iT™ PicoGreen® dsDNA Assay Kit on the Fluent® Laboratory Automation Solution. Quantification and normalization of double stranded DNA with minimal set-up time.

  2.  

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